登記請求権がありますが、会社が要求に応じない場合は訴訟になる可能性があります。
取締役を辞任し、なおかつ後任者が取締役に就任しているのに、会社が取締役の辞任登記をしない場合、第三者から取締役としての責任追及をされかねません。
　役員の退任登記に関して、商業登記法上、役員を辞任したものからの登記請求権を認める旨の明確な規定は見当たりません。しかし、宗教法人に関する事案ではありますが、過去に同様の事例で登記請求権を認めるものがあるようです。
　ですから、委任契約終了に基づく原状回復義務などを根拠に、もう一度、取締役の退任登記を請求してみてはいかがでしょうか。
　それでも会社が応じない場合は、取締役の地位不存在請求訴訟と登記抹消請求訴訟などを行うことになろうかと思います。